结垢主要来自钙镁硬度、硅酸盐、硫酸钙、碳酸钙、磷酸盐和有机物。蒸发浓缩使离子浓度升高，超过溶解度后析出；局部过热、液位低、流速慢和晶种控制不当会加速沉积。结垢使传热系数下降、温差损失增大、清洗频繁，严重时堵管停机。
腐蚀主要与高氯离子、高温、低pH、溶解氧和缝隙有关。氯离子易引起不锈钢点蚀和应力腐蚀，高盐高温工况需选钛材、双相钢、石墨、PP或衬里设备。氨氮、硫化物和有机酸也会加剧腐蚀。
防治应从预处理入手：软化除硬、除硅、调节pH、过滤除悬浮物和除油，必要时加阻垢剂。工艺上控制浓缩倍数和温度，采用强制循环提高流速，晶种法或盐腿排出晶体，避免局部过饱和。设备上优化布液、减少死角和局部过热，设置除沫器。
清洗按垢型选酸洗、碱洗、螯合清洗或机械清洗，控制浓度温度防止损伤设备。日常监测传热系数、压差、冷凝水水质和垢样分析，建立清洗周期。结垢腐蚀是污水蒸发器的核心难题，必须设计和运行共同控制。